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北宋以后，佛教理论日渐衰落，新儒学运动广泛开展起来。范仲淹、欧阳修等政治革命家努力提倡儒家学说。之后，被称为“宋初三先生”的胡瑗、孙复、石介以儒家的《周易》和《春秋》为依据，提倡道德性命学说，发展了韩愈的道统说。其中，胡瑗还认为应该将儒家经典作为治国的根据。
到了北宋中期，理学思潮逐渐形成，并占据了主导地位。理学流派纷纭复杂，北宋有周敦颐的濂学、邵雍的象数学、张载的关学、二程的洛学等，南宋时期有朱熹的闽学、陆九渊兄弟的江西之学，明中期则有王守仁的阳明学，等等。其中，二程、朱熹为代表的程朱理学和陆九渊、王守仁为代表的陆王心学是最主要的两大学派。
宋元明清时期，历代统治者多将程朱理学作为官方统治思想，进一步强化了儒学在社会政、教两方面的功能。由于伦理修养层面是直接为政治制度层面服务的，统治者常常使得本来建立在自觉原则上的道德规范，变为强制人们接受的律条，成为“以理杀人”的工具，对封建社会后期的历史和文化发展产生了诸多负面影响。

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